После торжества парламентских армий наступило «царство святых» с их воспеваемых в псалмах благочестием, которым пользовались как лозунгом для того, чтобы добиться благосклонности правящей партии, с их вмешательством в жизнь простых людей, с их запретом театров и традиционных спортивных состязаний. Вызванные этим антиклерикальные чувства проявились настолько бурно, что стали одной из главных причин антикатолической революции 1688 года. Во многих поколениях в дальнейшем ненависть к пуританству наряду с ненавистью к католичеству проявлялась как в диких инстинктах и традициях толпы, сжигавшей часовни, так и в действиях подавляющего большинства представителей высшего класса.
В церковно-религиозной области результатом Реставрации 1660 года было восстановление епископов, «Книги общих молитв», и англиканского отношения к религии вместо пуританского. Во время ее многие из лидеров «круглоголовых» канули в неизвестность или попали в ссылку; другие же, как Монк, Эшли Купер, полковник Берч и Эндрю Марвелл, сохранили свое положение в парламенте или рядах правительственных чиновников. Поскольку с цареубийцами было покончено, прежние «круглоголовые» не были объявлены вне закона, исключая лишь тех, кто упорно продолжал посещать тайные «сектантские молельни», как теперь называли места пуританского богослужения.
После Реставрации сохранилась лишь небольшая горстка землевладельцев, посещавших тайные сектантские молельни. До начала методистского движения Уэсли конгрегации и собрания секстантов были сосредоточены почти исключительно в Сити, в рыночных городах и в промышленных округах, хотя во многих деревнях находились отдельные семьи квакеров и баптистов. Некоторые из них были бедными ремесленниками, как, например, Джон Беньян; другие, особенно в Лондоне и Бристоле, были настолько богатыми купцами, что могли скупить имения сквайров, преследовавших их. И часто такие купцы действительно скупали имущество нуждающихся дворян после накопления закладных на их земли. В следующем поколении сын купца-секстанта был уже сквайром или священником. По прошествии еще одного поколения, и леди, вышедшие из этих семейств, с пренебрежением будут говорить обо всех, кто посещает собрания секстантов или занят торговлей.
После Реставрации в обществе исчезла та чрезмерная озабоченность церковными делами, которая характеризует Англию Кромвеля. Общественная реакция, ниспровергнувшая пуритан, была больше светской, чем религиозной. Англичане с облегчением приветствовали возврат старой англиканской церкви, главным образом потому, что она менее назойливо требовала проявления религиозного усердия в повседневной жизни. Пуритане заставляли людей «принимать религию вместе с хлебом» до тех пор, пока люди не почувствовали отвращения к пуританству.
После 1660 года в течение жизни одного поколения пуритан часто жестоко преследовали, но больше по причинам политическим и социальным, чем по чисто религиозным. Целью кодекса Кларендона было предотвратить возрождение партии «круглоголовых» и отомстить за несправедливости, которые пришлось претерпеть сторонникам англиканской церкви. Но преследования не носили религиозного характера; это не было искоренением ереси. Горькие пьяницы — охотники на лисиц из господского дома — ненавидели пресвитериан соседнего города не потому, что те придерживались учения Кальвина, а потому, что они говорили в нос, цитировали «Священное писание» вместо честных общепринятых клятв и голосовали за вигов, а не за тори.
Хотелось бы также подчеркнуть, что после реставрации в Англии быстро распространялась экспериментальная наука. Распространение научного исследования оказало влияние на характер религиозного верования. Век веротерпимости, последовавший за революцией 1688 года, был в основном подготовлен научными достижениями эпохи Реставрации. В 1677 году был отменен указ о сожжении еретиков, и законом были запрещены все «наказания с лишением жизни при церковном осуждении». В Англии после гражданской войны не было случаев лишения человека жизни или свободы за атеизм, хотя на общественном положении это могло отразиться неблагоприятно. Многие из руководящих государственных деятелей, не исключая самого Карла II, когда он находился в веселом настроении, проявляли скептическое отношение к религии и порой вели себя, просто как атеисты.